Wie Spitäler gebaut werden ist zumindest teilweise durch Rechtsnormen vorgegeben, die Rückschlüsse auf die zugrundeliegenden medizinischen Theorien/Sichtweisen zulassen.
Eine Literatursuche an der Josephinumsbibliothek (alter Bestand) ergibt zwei Werke:

Johann Dionis John, Lexikon der Medizinalgesetze, Die k.k. Medizinalgesetze noch der Zeitfolge vom Jahre 1230-1790
(das entpuppt sich als ausführliche Sammlung in 6 Bänden, die zu sichten dürfte einige Zeit dauern, könnte aber lohnend sein)

New verbesserte Infectionsordnung. Anno MDCXVII.
(ein recht kurzes Werk, es geht primär um Pest, enthält aber Hinweise zur Frage was krank macht bzw. übertragend wirkt und Gegenmaßnahmen, könnte die hinter (Bau-)massnahmen stehende Logik klarer machen)


Der schon ausgeborgte Band von Murken ist vor allem im Zusammenhang mit der Internetrecherche interessant, ich kann unmöglich alle da oder dort auftauchenden Spitäler ausführlich behandeln, aber die Zusammenschau dürfte die Auswahl repräsentativer Häuser erleichtern.

Treyer, Leben im städtischen Spital, ist eine Diplomarbeit von 1996, sie bietet wenig zur Architektur, eher zur Abrundung des Themas.

Ich werde mich, rein von den Baujahren der Spitäler her gesehen, nicht genau an die frühe Neuzeit halten können. Einige wurden eher im Mittelalter gegründet, existierten aber noch lange weiter, zumindest beim Wiener Bürgerspital zeigt sich eine spannende Geschichte von Um- und Zubauten sowie Übersiedlungen von Bereichen. Dazu dürfte sich auch einiges bei Pohl-Resl, Rechnen mit der Ewigkeit, finden. Sie behandelt zwar nur das Bürgerspital in Wien, trotzdem scheint einiges allgemeinere Gültigkeit zu haben.